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本人试验需要用DNA甲基化芯片检测细胞基因组水平DNA甲基化的改变,小弟以前未做过该类型试验。请教各位达人,该芯片需要联系哪些厂家,准备些什么材料等,不胜感激
DNA甲基化芯片目前的供应商较多,如Agilent、UHN、NimbleGen等生物公司。国内的代理服务机构有上海康成,上海生物芯片有限公司(SBC),北京博奥生物等。
DNA甲基化芯片的实验流程大体如下:
1、超声打断基因组
将基因组DNA超声打断成400bp-500bpDNA片段;
2、甲基化DNA免疫共沉淀
a) 加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份;
b) 其中一份单链DNA样品加入抗5’-甲基化胞嘧啶核苷抗体。
c) 用免疫磁珠法分离b步样品中甲基化DNA片段的抗体复合物,样品中其余的非甲基化DNA片段被清洗;
d) 纯化免疫共沉淀的DNA片段(MeDIP);
3、MeDIP与 Input DNA片段线性扩增
使用Sigma WGA Kit对两份DNA上述片段(MeDIP 与 Input)进行扩增。该步骤使检测的的灵敏度得到大幅度提升,用微量的检测样品就能得到精确的检测结果;
4、荧光标记
对MeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记;
5、芯片杂交
标记后的MeDIP与Input样品混合、变性,与甲基化微阵列检测芯片杂交;
6、图像采集和数据分析
用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号;用专业商用分析软件对杂交结果进行数据提取、标准化、峰值分析、报告;
7、提供实验报告
包括详细的实验方法和芯片实验数据和图表。