标题：靶向v.s外显子测序，哪个临床更有前景?

在近期举行的美国人类遗传学年会（ASHG）上，研究者指出，由于靶基因测序和全外显子测序各有优劣，并且两种测序方案的选择也取决于研究内容，所以如何取舍一直存有争议。虽然外显子测序比靶基因测序更全面，但相应的价格也高，并且也不可能完全覆盖目的基因。但是另一方面，即便表型正常，外显子测序也能发现意想不到的分子诊断结果。

GeneDx公司线粒体异常检测部门主任Renkui Bai在报告中总结了他们公司在线粒体疾病诊断上的经验，包括线粒体基因靶向测序、外显子测序以及全线粒体基因组测序。他表示，由于线粒体疾病及其特异，选用何种测序方式做诊断具有很大的挑战性。

Bai的研究小组用全线粒体测序方式评估了635个病例；用140个基因芯片评估了669个病例；外显子测序评估了200个病例。全线粒体基因组测序诊断率为11.7%，基因芯片测序诊断率为39.9%，外显子测序诊断率为30%。同时他们发现，综合三种诊断方式的诊断率较单个诊断方式更高。在单个诊断率为25%的情况下，三种诊断方式共同使用时确诊率达32%，可疑诊断率为14.5%。

Bai表示，尽管基因芯片诊断率较其他两种诊断方式高，但是外显子测序在其他方面依然保持优势。基因芯片测序对外显子测序已确诊的病例进行检测，确诊率只有33%，除掉8%因基因覆盖不全导致漏检，剩余59%的病例是基因芯片测序检测不出的。Bai说：“如果只做基因芯片检测就会漏检一些病例”。但是他也表示，对于确诊有线粒体异常疾病的患者，基因芯片检测敏感性更高，确诊率达40%，而外显子测序只有30%，但在线粒体异常疑似患者检测时，基因芯片确诊率又会下降8%。Bai说：“这主要是因为线粒体异常疑似患者的基因突变是发生在非线粒体基因上。”他最后总结表示，对于从表观就能确定线粒体异常患者使用靶基因测序外加线粒体基因测序，但是对于疑似患者，最好用外显子测序。

贝勒大学医学院医学遗传实验室主任Lee-Jun Wong表示，在目标测序区域的覆盖度上，基因芯片测序相比外显子测序有优势，对于一些失调症，她们的基因芯片诊断率达90%。Baylor实验室另外的高诊断率基因芯片有：66个非综合性色素视网膜炎基因芯片，诊断率为82%；9个遗传性耳聋基因芯片，诊断率为94%。

与此同时，埃默里遗传实验室执行主任Madhuri Hegde表示，目前研究者们正开发一个大约包含4600个医学相关基因外显子的基因芯片。今年3月起埃默里就开始提供医学外显子基因芯片，是跟费城儿童医院分子遗传实验室以及哈弗大学分子医学实验室共同研发设计所得。

据Hegde表示，通过特定设计基因芯片，能很好的覆盖目标区域，而一般的外显子捕获试剂盒对临床相关外显子区域的覆盖度很差。她表示，目前埃默里提供的4600个外显子中98%的区域可以被完全覆盖，另外2%不能覆盖的原因可能是二代测序存在的测序缺陷引起的。她说：“目前二代测序不适用于分析高度同源区域、三核苷酸重复或者结构变异。外显子测序不像靶基因测序一样可以根据可能存在的问题进行特定设计，但是当每个基因都测到了也就不存在上述问题。”

来源：测序中国