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2009年7月1日，中国的很多科研型企业将有可能遭遇一项新的关税管理条款的重创。这一条款取消了之前对于企业进口仪器和设备的免征增值税的政策，可能大幅增加科研型企业的负担。
这一目前暂时搁置的新规定源于2008年修订版的《中华人民共和国增值税暂行条例》的第15条及其《条例》的实施细则，它重新厘定了免征增值税的范围，包括“直接用于科学研究、科学试验和教学的进口仪器、设备”，同时也允许企业通过少缴产品销售的税收来抵扣设备的增值税。
新的增值税暂行条例原定在2009年1月1日生效。
这一看起来无懈可击的规定却让很多科研型企业有苦难言。在2009年4月底于上海张江生物医药园举办的一次研讨会上，上海和记黄埔医药有限公司总裁杜莹表示，研究型企业却无法被归类到免税待遇的科研机构中，也无法享受到相应的待遇。
而另一方面，因为大多数研发企业都没有可供销售的产品，所以它们也无法通过减征商品税来抵扣增值税。
经营张江生物医药园的张江生物医药科技发展有限公司的卢佳也表示，由于制药研究行业大多数设备都非常昂贵，所以，最高达17%的仪器设备增值税政策给新药研究企业带来了沉重负担。
实际上，这个政策不仅给张江的生命科学企业带来了威胁，而且将影响到所有没有产品的研究型企业。
张江生物医药科技发展有限公司的母公司——张江集团常务副总经理刘小龙表示，在（2008年底）李克强副总理视察张江期间，张江集团反映了企业的呼声，李克强承诺重新考虑这项税收政策。随即，针对进口设备征收增值税的规定被延缓生效到2009年6月30日。但是目前并不清楚这一政策是否在延缓期结束后会恢复。
据业内人士透露，新的增值税政策的背后暗含着政府希望加强国内的仪器和设备制造产业。科技部副部长刘燕华2009年4月23日在中科院研究生院主办的中国科学与人文论坛上透露：中国的大型科学仪器设备99%以上依靠进口，中型科学仪器设备80%以上依靠进口，生物研究用的试剂50%以上也依靠进口。刘燕华说，包括科技部在内的多个部门下一步要通过各种科技计划、政策措施和实际举措来改变这种局面。落实的具体方案应该在“十二五”规划当中得到体现。
但是，一位国际大型仪器公司的高管认为刘燕华的数字并不准确，没有涵盖国际仪器企业的本地化生产，也有被人误导夸大情况的嫌疑。他认为，国内科研仪器企业缺乏高端人才开发高精尖仪器，才是导致竞争处于弱势的根源。
无论如何，一些大的国际医药研究中心已经发出警告，如果这些税收政策生效，他们将停止其在中国的进一步发展计划。据悉，英国制药业巨头葛兰素史克就属于反应比较强烈者。而一位质谱仪生产企业的市场总监承认，葛兰素史克的研发部门是该公司的主要客户。如果葛兰素史克减少研发部门的规模，一定也会殃及仪器行业。
另一些企业则在考虑新的战略。例如，罗氏制药公司上海研发中心的科研副总裁陈力就透露，该公司会加大与本地CRO（合同研发机构）的合作来应对管制方面的障碍。
目前，由于国内相对低廉的开发成本和丰富的智力资源，国际上主要的医药商企业，如阿斯利康、葛兰素史克、拜尔医药、诺华和罗氏制药都在中国建立了研发中心，主要在上海张江。
刘小龙则表示，从目前财政部相关人士透露的情况来看，解决进口科研仪器增值税的问题正在向积极的方面发展。
《科学新闻》 (科学新闻09年第10期 实验)
国家制定的政策是不会轻易改变的，不过这政策对国内企业来说倒是一个利好消息。