上面介绍的三种类型细胞计数方法，涵盖了现代生物医学领域细胞计数的基本技术和方法。三种类型细胞计数方法存在的主要问题是检测获得的细胞密度都不够准确，其次还存在两个问题：一是检验细胞样品不能回收再用，二是不能准确计数总量小于1000个细胞的样本。例如，极限稀释细胞克隆实验是研究细胞增殖、分化、凋亡的一种方法，需要准确计数几百个细胞，然后回收单个种植到培养孔内。上述三种细胞计数方法都做不到。